关于清净孤修派丹法的步骤，一般分为四个阶段？第一阶段为筑基人手功夫，称为道术筑基阶段，主要是补足全身生理机能的亏损，同时初步打通任督和三关的径路，直至气通、全身经络通畅，达到精满、气足、神旺，为内丹仙术作准备。第二阶段为炼精化熏，称为初关仙术（百日关）。这段功法以元精为药物，包括调药、采药、封炉、炼药、止火几个步骤，属小周天功夫。第三阶段为炼燕化神，称为中关仙术（十月关）。这段功法先要经过“大死七日”的人圆（释教称坐关或闭关）过渡步骤，随之“采大药”、“养胎”，进入无为的入定功夫。第四阶段为炼神还虚，称作上关仙术（九年关）。炼神还虚纯为性功，约九年，前三年神超内院、哺乳温养；后六年调神出壳，直至虚空粉碎，合道成仙。下、中、上三关仙术各约需百日、十月、九年等时日。但亦因人而异。今依《上品丹法节次》简述如下：
一、炼己存诚。其要诀为惩忿窒欲，虚寂恒诚；扫除后天之习染，独露先天之真体；使识神退位，元神呈现；息断俗缘，退藏于密。丹家收拾身心，凝神定虑，即归中宫祖窍，养自我本来一点灵光，常应常静，二年三年，积久益善，促开玄关一窍。
二、筑基培药。其功法为择地入圆，身心意不动，收摄精气神三宝归于中宫．时时觉照，刻刻规中，借假修真，以玄关一窍立基敛藏神熏，行抱元守一之诀。此法纯熟，更复坐忘内视，行凝神入暴穴之功，活子时至元阳生，勃然机发，于恍惚杳冥之中，先天一燕自虚无中来。龙生于离，虎生于坎，当虚极静笃之时，将元神沉于熏穴。听其自呼自吸，采有气无质之壬水（坎中真阳），以真意摄人中宫，与离中真阴会合。
三、坎离交靖。其功法要心息相依，身心不动，神熏凝结，于虚极静笃中，忽觉海底蠕动有光透出，似初三新月。或如粟如珠，照在腹部，乃金暴初现之象。而后以真意引药穿尾闾，经夹脊，透玉枕，人泥丸，游九宫，自上腮滴下鹊桥，似醍醐甘露，沿赤道复归燕穴，行归复法，为胎息人手功夫。
四、采药归鼎。丹家于虚寂杳冥、渊默混沌之际，顿起雷声如裂帛，丹田火热，两肾汤煎，即将药物聚于海底，以真意引转尾闾，雷声轰轰透过三关，翁聚泥丸宫。此时月窟风生，绛宫月明，两眉间内涌圆光，药物不知不觉由鹊桥下重楼，凉如冰片薄荷，沁人心脾，送归土釜。此为炼取谷神之法，取坎填离之功。
五、周天火候。丹家循任督运小周天炼药，自子时至巳时进阳火，应乾之策二百一十六数，除去卯时沐浴三十六策不用，实行一百八十息。自午时至亥时退阴符，应坤之策一百四十四数。除去酉时沐浴二十四策不用，实行一百二十息。连同沐浴六十息，闰余二十四息，合计三百八十四息，故日周天息数微微数。丹家须于平时调准，临炉炼药之际，只要心息相依，自然运用，不可唱筹量沙，刻意追求。小周天功成，得玉液还丹，补足后天破漏亏损，复归童真之体。
六、乾坤交靖。丹士行足周天火候，填回先天乾坤之位，于凝神大定之中，勃然机发，玄关一窍大开，顿觉虚灵空朗，进入齐天地、泯人我、混混冥冥的境界。此时先天熏复，凝为大药，一点落黄庭，遍身酥绵畅快，只觉圆陀陀、光灼灼，如珠在玉盘，为虚灵独露的金液还丹．
七、十月养胎。神熏凝结为圣胎，又名婴儿，须洗心涤虑、绵密寂照、常定常觉，如龙养珠，如鸡抱卵，暖气不绝，始得灵胎日渐坚固。十月养胎是大周天炼燕化神功夫，其火候要炉里自温温，镇日玩真空，念不可起，意不可散，十个月如一日，方能神全胎化。十月养胎为人定功夫，如遇丹田火热，可存想两眉间有一黑球如碗大，收摄入神室，其热自退。
八、移神换鼎。头部泥丸宫，又名天谷，乃阳神本宫。灵胎纯为先天凝结之阳神，乃人之法身，婴儿现象，须出其胞，由下田燕穴移至泥丸宫，行炼性之功。阳神能超越时空障碍，透金穿石，隐显随心。移神天谷后，丹士应端拱无为、正位居体、寂以定之、慧以镇之，继行人定之性功。
九、泥丸养慈。泥丸为全身至清至灵之地，上应太空之镇星，丹家法天象地，以真心合天心，要居尘出尘，须入尘磨炼，静以养慧，动以炼慧。法惟冥心寂定，诀在一“诚”字，减于静者神自明，诚于动者性自彻，天下无撇不下之凡情，无识不破之物理，乃由诚而明之性功。丹家于此际，静极生动，定极生慧，开发出人体潜能，得大智慧、大神通。
十、还虚台道。内丹学炼至阳神脱体，未为究竟，躯体仍在，终难脱生死。丹家于具神通后，不可常动不还、用慧神疲，更应于群动之中。独抱静观自得之趣，一如得鱼而忘筌，行物我无间的还虚功夫。便进一步，粉碎虚空，真幻两忘，道合自然，神证太虚，与天地同其阖辟循环，浑化与无垠，动与天俱，静与天游，则为天仙功成？
清净丹法的步骤在《大成捷要》、《伍柳仙踪》中记载详且明矣。此处所述《L品丹法节次》可视为各派丹法之总纲，非止清净派而已。下面再据仇兆鳌《悟真篇提要》，简述阴阳双修派的丹法：
一、凝神定息。男女双修功夫，亦要把凝神定息的踵息术贯彻始终。其诀要万缘放下，心息相依，虚极静笃，一念规中，行玉液炼形之功。
二、运气开关。其法有积气开关与聚气开关之别；积气开关功迟，聚气开关功速。开关为得药作准备，欲采药上运，必须关路通畅。积气开关乃贯通任督二脉的逆转河车功夫。聚气开关须死用女鼎薰蒸，外提玉茎，蛇婴含吐，使管通关透。
三、保精炼剑。元精坚固，则剑锋刚劲；锻炼有方，则剑气通灵。剑要刚、通、灵；金水相资，刚柔迭用，屈伸如意，呼之立应，则可明强弱而出入，用提吸以回阳，或侧身修道，或颠倒行功，顺逆皆可用之。
四、采药筑基。鼎佳剑良，须按寅申子午气动时刻．按地天泰卦，采药筑基，以前短后长之作用行动，使民安国富，身雄力健。筑基用后天鼎器，每日两番，乃滋培温养之功。
五、还丹结胎。诀用先天金鼎，待其天应星，地应潮，唇红如拍，瞳黑如漆，五千四八卷白虎首经当产，急忙下手，如磁石吸铁，隔碍潜通，采此先天虚无真一之燕，送归土釜，配以流珠，到口香甜，遍身沉醉，便是一得永得之金液大还丹。此熏肇白混沌鸿朦，霎时乍来，惟此一度，三家相见结婴儿，片晌得丹。
六、火符温养。此乃阴阳派抽铅添汞、取坎填离之功，属炼燕化神阶段。其功法与筑基相似，须用阳火阴符，抽彼之铅，添己之汞，务要天君泰定，对境无心，三百日朝暮行六百卦，周天数足，十月胎圆，婴儿现象则通神入圣。此段功夫须守满持盈，防止阴佞阳骄，妄作走丹；更要慎密火候，防危虑险，功成则将丹房鼎器善遣之。
七、抱元守一。十月功完，阳神出壳，须行哺乳温养、人定寂照之功。此段还虚合道功夫，乃无为之性功，诀在绝虑忘机、逍遥静观、虚寂恒诚，便可达天仙境界。
阴阳丹法之功程，开关须三七，炼剑用百日，筑基在期年，还丹只片时，温养经十月，抱元历九载。内丹学本是仙家虚无大道，中间琴剑鼎炉，乃搭桥借径之方便法门。此术乃封建宗法社会之旧阴阳丹法．可知而不可修，需经研究改造取消其荒谬之处才有用。以上为男子丹法，下面再述女子丹法。
内丹学注意到女子在心理与生理上与男子不同，男子外阳内阴为离卦，女子外阴内阳为坎卦；男子以精为基，女子以血为本。因之内丹功法在筑基人手功夫和初关仙术方面，男女有别。女子先炼形质，后炼本元，以乳房灵脂变化气质，斩断赤龙（月经），使乳房缩如男子，再依男子功法依次修炼。丹家主张女子金丹先要收心养性，意守两乳间膻中穴（亦名乳溪，乃女丹之燕穴），以“太阴炼形”之法炼血化霖，采血海（子宫部，相当于男丹下田）中真暴上透燕穴（膻中）炼药以完成初关仙术。初关仙术男子修成不漏精，女子修成不漏经。男女丹法，要在一个“中”字，丹家在变化男女体质的命功上求其“中”，在性功上也求“中”。“中”即是阴阳造化的枢机。曹文逸《灵源大道歌》传上乘丹法，元和内运，男女皆可修习。女子体性阴柔，比男子更易成道。女丹只要修成胎息，玄关一窍展开，南后天转为先天，三年五载可抵男子十年之功。今据《坤元经》阐述女丹步骤：
一、静养化罴。女子入坐时万缘放下，清心寡欲，意默血海，二目返照两乳中间燕穴。两手交叉捧乳揉摩三十六遍，自下田血海微微吸气二十四口（童贞少女不必用揉吸之法），而后仍双手捧乳，回光照定燕穴。如此寂静自然，直至虚极静笃，不知不觉生机触动，丹田血海中有一缕清气升至暴穴。复凝神照定暴穴，元和内运，舒散周身，一片浑圆景象，方可下坐。
二、知时炼形。女子月经一月一来，分为壬水、癸水。壬水生时，信先至，至癸水生，潮立至，经三十个时辰，潮将止未止之时，癸净壬现。丹家宜于信到时行化气养形之功，经止时行炼形和气之功。两日半行经赤龙正旺，不可妄行采炼，应安心静养为妙。化气养形之法：预先算定信至之期，焚香静坐，呼由丹田起意上照神室，吸由熏穴回返下笼血海，少刻觉生清气一缕上升熏穴，复引下血海，丹田生热，血化之气引动真一之燕，速回光聚气于海底，用意引过尾闾，穿夹脊入泥丸，复透上胯，舌引生液，咽下重楼，至乳间燕穴运液化气，经两乳舒散周身百脉，以养形体。月经将止未止之期，真阴忽又发动，如鱼吸水，急照前法行炼形和气之功。
三、斩龙立根。女子斩龙之功，一是内炼丹田与燕穴间之气，接乎外来之气，融成一片，并将口中所坐津液和清气下咽丹田，并沿带脉运息烹化，静守自然，称玉液炼形之功。二是意照血海，炼液化熏，沿督脉过三关入泥丸，复化为津液滴下经重楼入燕穴，在霖穴烹液化气，经两乳流通全身，称金液炼形之功。三是信至潮未至前，采血海之气入燕穴炼化，称索龙头之功。四是癸尽壬生之际，炼血海之气过尾闾转督脉下降燕穴，舒散周身，称擒虎尾之功。如此壮者二年，弱者三年，经血由红而黄而白而无，赤龙斩断，乳头缩如男子，丹基始立。
四、采取生药。女子斩龙功后继之采取之功。其功法即虚极静笃，凝神入熏穴，逆升头顶为进火，进火即为采取；顺降腹部为退符，退符即烹炼。先采心肾之气炼之促生外药；再采外药炼之引生内药；终采内药炼结而生大药。丹士静坐觉丹田温热，心肾之气足，采取穿尾闾沿督脉、任脉入燕穴复降丹田，日日加工，一年之间，便有生外药之象。丹士一觉药生熏到，趁其生机，采而聚之，转河车炼之，后藏于丹田，温养日久，方生内药。
五、炼结还丹。女子觉生内药，速采而勿失，即行炼结之功。吸降心中真火以养之，呼升肾中真水以温之，子前进火，午后退符，行小周天火候，渐聚渐凝。当炼之时，定息运气以抽铅，行火炼形以添汞，以呼吸轮转，河车搬运，周天火候不差，先天太药结成紫金丹，方可移炉换鼎。大药穿尾闾沿督脉经泥丸降至乳间罴穴，还乎先天本位，称作还丹。
大、会台胎息。还丹功成，大药人燕穴，先行乾坤交媾，神熏会合之法，后以胎息养仙胎，为十月温养之功。法以真意引元神下入燕穴，和元熏在熏穴内相包归一，意引息运，交合融化，结成珠胎。然后行大周天火候，如鸡抱卵，如龙养珠，静养胎中生息。而后化后天呼吸为先天呼吸，化真息为胎息。以胎息养胎神，于先天大定之中，气息悠悠绵绵，觉有终无。
七、调养出神。百日神熏大定，再以五脏真气，随息入胎中凝炼，百日药力渐全，为五气朝元之功。复加百日，化去胎中之息，汞化为神，神定阳纯，胎神坚固，炼熏化神之功全？三百日胎神大定，谓之胎圆神全，又称灭尽定，至此须将此太和元灵真性之胎神，由燕穴上移泥丸宫。阳神在泥丸宫盘结数周，冲开天门，霞光三耀，电闪雷鸣，婴儿出胎。
八、台道成仙。阳神出壳，婴儿现形，须经三年哺乳，九年绝阴，方始成熟。初出婴儿幼嫩，恐迷失不返，应即放即收，渐放渐远，炼到出在定中，人在定中，婴儿老成，得大神通，还虚合道，渐至仙人境界。
内丹学是一门正待研究的学科，它的学术成果，将有助于促进哲学、生理心理学、心身医学、脑科学、宗教学等多种研究领域的进展
